Lavoisier teve um fim trágico. No mesmo ano de 1789, teve início também a Revolução Francesa e os membros da Ferme Générale foram colocados como inimigos do povo, foram acusados de peculato, que é um delito praticado por funcionários públicos que se apropriam de posses ou dinheiro público ou particular em proveito próprio ou alheio e usam as facilidades do cargo para obter esses bens ou ajudam alguém a obtê-los por meios ilícitos. E foram acusados também de não prestarem contas de suas atividades.

Lavoisier, por fazer parte dessa instituição, não foi poupado, pelo contrário, no dia 08 de maio de 1794, aos 51 anos de idade, ele foi morto em uma guilhotina. Sua esposa foi presa, mas quando foi libertada, publicou a obra Memórias de Química com o nome do marido e baseada nas anotações de trabalhos que ele realizou enquanto vivo.

A frase que o célebre matemático francês Joseph-Louis Lagrange disse quando soube de sua morte, resume bem esse acontecido e suas consequências:

“Só um minuto para cortarem aquela cabeça, e talvez cem anos não nos deem outra igual.